نصت المادة" 12" من قانون حماية الأثار على تسجيل تلك العقارات لتكون اثرًا يحظى بالاهتمام، حيث يتم تسجيل الأثر العقاري بقرار من الوزير بناء على اقتراح مجلس الإدارة وبعد موافقة اللجنة المختصة، ويعلن القرار الصادر بتسجيل الأثر العقاري إلى مالكه أو المكلف باسمه بالطريق الإداري، وينشر في الوقائع المصرية، ويؤشر على هامش تسجيل العقار في الشهر العقاري.

ونصت المادة "13" على أنه يترتب على تسجيل الأثر العقاري وإعلان المالك بذلك طبقا لأحكام المادة السابقة الأحكام الآتية مع عدم الإخلال بحق مالك الأثر في التعويض العادل:

1- عدم جواز هدم العقار كله أو بعضه أو إخراج جزء منه من جمهورية مصر العربية

2- عدم جواز نزع ملكية الأرض أو العقار أو الحرم لصالح أي جهة عدا المجلس، وذلك بعد موافقة الوزير بناء على اقتراح مجلس الإدارة وبعد موافقة اللجنة المختصة.

3- عدم جواز ترتيب أي حق ارتفاق للغير على العقار.

4- عدم جواز تجديد العقار أو تغيير معالمه على أي وجه إلا بترخيص من رئيس الهيئة بعد موافقة اللجنة الدائمة المختصة ويكون إجراء الأعمال التي رخص بها تحت الإشراف المباشر لمندوب الهيئة. فإذا أجرى صاحب الشأن عملا من الأعمال بغير الترخيص المشار إليه قامت الهيئة بإعادة الحال إلى ما كانت عليه على نفقة المخالف مع عدم الإخلال بالحق في التعويض وعدم الإخلال بالعقوبات المقررة في هذا القانون.

5- التزام المالك بالحصول على موافقة كتابية من الهيئة عن كل تصرف يرد على العقار مع ذكر اسم المتصرف إليه ومحل إقامته، وعليه عند التصرف فيه إبلاغ من حصل التصرف له أن العقار مسجل. وعلى الهيئة أن تبدي رأيها خلال ثلاثين يوما من تاريخ إبلاغها بطلب التصرف ويعتبر انقضاء هذا الميعاد بغير رد بمثابة قرار بالرفض.

6- للهيئة أن تباشر في أي وقت على نفقتها ما تراه من الأعمال لازما لصيانة الأثر وتظل هذه الأحكام سارية ولو أصبح ما بالعقار من أثر منقولا.

ونصت المادة "14" على أنه لا يترتب على أي استغلال قائم من قبل الأفراد أو الهيئات لمواقع أو أراض أو مبان أثرية أي حق في تملكها بالتقادم، ويحق للمجلس إخلاؤها مقابل تعويض عادل، كلما رأى ضرورة لذلك.